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L'entrée de la grotte de Mendukilo se trouve à 750 m d'altitude. Mendukilo peut être considérée comme une grotte de surface, comme le prouve le fait qu'elle est envahie par les eaux, une heure après de fortes pluies. Le point le plus bas de la grotte se trouve à 90 m, alors que le gouffre d'Ormazarreta,   l'un des plus profonds d'Aralar, a une dénivellation de 575 m.   L'entrée est de grande dimension. Une rampe pavée permet de descendre ensuite jusqu'à la salle appelée Artzainzulo (Le Refuge des bergers). Grâce à cette vaste ouverture, la salle Artzainzulo est éclairée par   la lumière du jour. Elle a pu ainsi servir d'étable de montagne pendant des siècles

La température à l'intérieur de la grotte est de 13ºC et l'humidité est proche de la saturation.

En automne et en hiver, la grotte a beaucoup d'eau car elle se remplit rapidement à chaque pluie tombant dans la région. En été, par contre, elle est plutôt sèche.

Au fond de la salle Artzainzulo , on emprunte le couloir de Jentileio   (la Fenêtre des gentils) qui mène, par un escalier de 90 marches (30 m), à la salle Hartz-zuloa (la Tanière à ours). De là, on pénètre dans la salle Laminosin   (la Salle des lacs), puis au terme d'un parcours circulaire, on revient à la salle Hartz-zulo . Pour terminer, on visite la Demeure du dragon ou Herensugearen Gotorlekua . On regagne ensuite la surface, en revenant dans la salle Artzainzulo par le couloir Jentileio.

La grotte a deux autres salles qui ne sont pas ouvertes au public : la première, appelée la Salle du guerrier   ou Gerlariaren gela, est une salle ascendante de grand volume, de 50 m de longueur ; la seconde est un étroit boyau déclive appelé Intxixuen gordelekua   (le Repaire des intxixus). Par ailleurs,   Laminosin   comporte également une dernière salle qui ne se visite pas.